조선후기에 별기위는 두 가지가 있었다.
하나는 동래부(東萊府)의 고관(庫官)·별전군관(別典軍官)·별무사(別武士)·장관기패관(將官旗牌官) 및
각 진(鎭)의 장교(將校) 중에서 300명을 선발하여 조직한 기마부대이다.
『신보수교집록』 「병전」 〈장권(獎勸)〉에 의하면, 동래부의 별기위는 숙종 44년(1718)에 조직하였으며,
20세 이상 40세 이전의 용맹하고 담력이 있는 무사로 선발하되 용맹과 담력이 남보다 뛰어난 경우에는 나이 제한에 구애받지 않고 선발하였다.
10명마다 그 안에서 1명을 선발하여 영(領)으로 삼고, 3영마다 그 안에서 1명을 선발하여 정(正)으로 삼았다.
『신보수교집록』에 수록된 시취절목(試取節目)에서는 동래부사(東萊府使)가 이들을 통솔하고
해마다 봄과 가을에 시행하는 시재(試才)도 동래부사가 주관한다고 하였다.
그러나 『속대전』 이후의 법전에서는 모두 경상좌병사가 시재를 주관한다고 하였다.
또 하나는 금위영(禁衛營)의 별기위이다.
『만기요람』 「군정편(軍政編)」3 〈금위영(禁衛營)〉에 의하면,
금위영의 별기위는 영조 4년(1728)에 발생한 이인좌(李麟佐) 등의 반란을 진압하기 위해 출정(出征)했던 군병 중 출신(出身)으로 편성하였으며,
금위영에 32자리를 두었다.
